V tomto údolí se vedle kulturního lesa vyskytují také zachovalé lesní porosty. Pro přirozený les je charakteristické různé stáří stromů a zastoupení různých dřevin. Takový les je stabilní a snadno odolává vlivům počasí či škůdcům. Skladba dřevin má vliv na bylinné patro a rovněž na výskyt hub a živočišných druhů. Není náhodou, že právě v Jindřišském údolí jsme svědky nálezů vzácných druhů rostlin, hub i hmyzu.

Bučiny 

Člověk svým hospodařením potlačoval buk a podpořil jehličnany. Původně v Jindřišském údolí převládal buk lesní s přimíšenou jedlí a dalšími dřevinami. Bučiny se v území zachovaly pouze v části blíže Malému Ratmírovu.

Bučiny se zde Vyskytují ve dvou typech: 

• „Acidofilní bučiny“ – jsou druhově chudé, hostí např. borůvku nebo trávu metličku křivolakou. 

• „Květnaté bučiny“ – bohatý typ bučin, vyskytuje se obvykle na prudších kamenitých svazích a rostou v něm druhy náročnější na živiny, např. tráva strdivka nící, z bylin bažanka vytrvalá, pitulník horský nebo kopytník evropský.  

Jedliny

Jedle bělokorá je v ČR jednou z nejohroženějších lesních dřevin. Jedliny jsou považovány za silně ohrožená společenstva. Uskupení lesa, v němž je převaha jedlí, je však částečně výsledkem lidské činnosti: pastvy dobytka a hrabání steliva (dnes zakázáno zákonem) a pěstování jedle jako hospodářské dřeviny. Obnažení půdy vytvářelo optimální podmínky pro klíčení jedlí. V přirozených podmínkách by navíc nad jedlí brzy převažoval v porostu buk. Ochranu jedlin je tedy třeba vnímat také jako ochranu kulturního dědictví. V Jindřišském údolí se jedliny vyskytují zejména mezi Jindřiší a Blažejovem.

Na území Jindřišského údolí se vyskytuje několik ekologicky odlišných typů jedlin:

• „Druhově chudé jedliny“ – najdeme je na strmých svazích mezi Jindřiší a Blažejovem. V podrostu rostou kyselomilné druhy, jako např. rostlina trávovitého vzhledu bika chlupatá, tráva metlička křivolaká nebo borůvka.

• „Květnaté jedliny“ – rostou na bohatších půdách, lze se v nich setkat např. s pitulníkem horským či plicníkem tmavým.

• „Podmáčené květnaté jedliny“ –  jsou maloplošná, druhově bohatá společenstva okolí pramenišť, hostí přesličku lesní a ostřici oddálenou. 

Na bázích svahů roste často v jedlinách také chráněná modrofialově kvetoucí prvosenkovitá bylina dřípatka horská, která se v ČR vyskytuje pouze v jižní polovině Čech a na jihozápadní Moravě v návaznosti na její rozšíření v Alpách. 

Jedle vyžaduje zvláštní způsob hospodaření s respektováním jejích potřeb: 

• jedle v mládí snáší stín, obvykle se špatně zmlazuje na pasekách
• chutné semenáčky likviduje spárkatá zvěř, proto je třeba okolo nich vytvářet oplocenky; řešením by ovšem bylo snížení stavů srnčí zvěře

Jedle je hostitelem řady druhů drobných živočichů a hub. Nejvzácnější druhy z těchto skupin jsou většinou vázány na odumřelé stromy v různém stadiu rozkladu. Z hub se především na jedli vyskytuje například korálovec jedlový, z brouků jsou to někteří kůrovci a tesaříci.