Zastoupení původních druhů vodních rostlin, ryb a dalších živočichů kleslo. Jejich návrat je možný snížením obsahu živin a obnovou tůní.
Velké množství živin a organických látek vede k tvorbě jemného bahna. To neposkytuje úkryt ani dostatek potravy rybám. Písčité dno je nutné pro tření střevlí a uchycení rostlin.
Díky živinám se vytváří velké množství řas a bakterií. Ty pokrývají kameny a rostliny. Čisté kamenyvytváří vhodné úkryty pro ryby a jejich jikry.
Citlivější rostliny hynou pod nárosty bakterií a řas. V jemném bahně mnohé druhy obtížně koření, navíc rostlinám chybí kyslík v okolí kořenů (v bahně). Vodní rostliny prokysličují dno, jsou inkubátorem jiker i úkrytem pro ryby.
Rozklad organických látek vede ke spotřebě kyslíku, chybí i jeho produkce rostlinami. Dostatek kyslíku je nezbytná podmínka života pod vodou.
V potoce je velmi málo druhů vodních rostlin, protože podmínky jsou všude stejné. V čistší vodě a členitějším korytě by se vytvořily podmínky pro více druhů. K typickým rostlinným společenstvům vodních rostlin by patřily lakušníky a mechorosty (např. pramenička obecná). V současnosti jsou však tato rostlinná společenstva velmi vzácná. Udrží se jen odolnější druhy jako rdest kadeřavý.
Živočichové Proudících Vod
V úseku mezi Malým Ratmírovem a Jindřiší je zachováno téměř přirozené koryto Hamerského potoka. Díky tomu má potok určitou samočistící schopnost (vysvětleno na jiném panelu). V proudící vodě se nestačí projevit nadbytek živin z celého povodí. Proto mohou v potoce a jeho nejbližším okolí přežívat některé vzácné druhy živočichů. Pro ty je velmi důležitá i téměř neporušená krajina Jindřišského údolí.
Ptáci
Skorec vodní má zajímavý způsob lovu. Pod vodní hladinou sbírá larvy vodního hmyzu a další bezobratlé živočichy.
Ledňáček říční upoutá nádherným kovově zbarveným peřím. Hnízdní nory si buduje v příkrých březích potoka a pod zemí pak vyvádí svá mláďata.
Savci
Výskyt vydry říční dokazuje, že Hamerský potok jí skýtá dostatečné množství potravy – ryb, obojživelníků či bezobratlých živočichů.
Bezobratlí
Na dně v některých místech žije kriticky ohrožená škeble velevrub malířský, v minulosti se zde vyskytoval také korýš rak říční.
Hmyz
Z vážek je možno se setkat s ohroženým druhem klínatkou obecnou. Často lze zahlédnout třepotavý let motýlice lesklé a motýlice obecné.
