Území Jindřišského údolí je významné výskytem svahových a suťových lesů. Vzhledem k tomu, že patří pro svou nepřístupnost k nejlépe zachovalým lesním společenstvům v území a hostí řadu na Jindřichohradecku vzácných rostlinných druhů, jsou téměř všechny jejich lokality v popředí zájmu ochrany přírody.

Stromové patro 

 Tvoří ho hlavně javor klen. Hojně je vtroušena jedle, která může vzácně dominovat. Přimíšeny jsou i další náročné dřeviny jako lípa srdčitá, javor mléč nebo jilm horský.

Keřové patro

Bývá bohatě vyvinuto. Tvoří ho líska obecná, zimolez černý a pýřitý nebo růže převislá. Poslední tři jmenované druhy tvoří na světlinách a v okolí otevřených balvanišť i samostatné keřovité porosty.

Bylinné patro   

   Na sutích s malým podílem zeminy rostou zejména kapradiny, z nichž nejčastější jsou zástupci z rodu kapraď. Se stoupajícím podílem jemnozemě v sutích se do složení rostlinných společenstev suťových lesů  začleňují i druhy vyžadující vysoký obsah dusíku v půdě (tzv. nitrofilní druhy) – např. kakost smrdutý, kopřiva dvoudomá a druhy hájů, jako např. jaterník podléška, hrachor jarní, pryšec sladký, svízel lesní, či druhy bučin (věsenka nachová, samorostlík klasnatý).

Kapradiny (nejčastěji kapraď samec a k. rozkladitá) na částečně zastíněných sutích na severně orientovaných svazích vytvářejí kapradinová společenstva, která jsou určitou obdobou vysokohorských kapradinových niv. Lze je nalézt například v lavinových polohách.

Další Typy Suťových Lesů

Skalní lipiny

Toto společenstvo lze nalézt zejména mezi Blažejovem a Jindřiší. Jedná se o zcela zvláštní typ suťových lesů. Dominantní je lípa srdčitá rostoucí na skalních výchozech kyselých hornin (v tomto území převážně rul). V podrostu se většinou významně uplatňuje kapradina osladič obecný a tráva lipnice hajní. 

Udatnové javořiny 

Jsou také rozšířeny hlavně mezi Blažejovem a Jindřiší. Název mají podle mohutné rostliny z čeledi růžovitých – udatny lesní. Ta se uplatňuje jako dominanta v bylinném patře. Tyto javořiny se vyvinuly na dolních částech severních zastíněných svahů se silnou svahovou erozí a s posunem půdních částic po svahu dolů. 

Zajímavý Brouk 

V Jindřišském údolí byl zjištěn vzácný brouk příbuzný světluškám. Jeho larvy se živí dravě a mají také schopnost světélkovat. Jeho latinské jméno je omalysus fontibellaquei, české jméno bohužel nemá. Vyskytuje se především ve světlých listnatých lesích a v tomto území tedy především v suťových lesích.